La communauté des missionnaires de la miséricorde divine est née sous l'impulsion de Monseigneur Dominique Rey évêque de Fréjus-Toulon et de l'abbé Fabrice Loiseau, prêtre de la Fraternité Sacerdotale Saint-Pierre. L'union entre ces deux hommes s'est faite par une quête commune, la recherche d'une communauté profondément liée à l'ancien rite, à l'unité diocésaine, mais aussi l'intention d'être missionnaire par la spiritualité particulière de la Miséricorde. C'est après un certain nombre de rencontres dans le diocèse de Fréjus-Toulon que ce fabuleux projet prend forme et ainsi, d'autres personnes y adhèrent à l'image des abbés Jean-Raphaël Dubrule et Eloi Gillet ou encore de jeunes séminaristes diocésains. La société prend acte en septembre 2005 comme association de droit diocésain.
Nous pouvons retirer quelques dates clés depuis la récente fondation de la communauté, parmi celles-ci nous retrouvons notamment le 22 septembre 2007, jour de la reconnaissance canonique de la communauté par Monseigneur Dominique Rey, le 26 septembre 2009 avec l'ordination de l'abbé Eloi Gillet au rang de prêtre, février 2013 avec l'ordination de deux diacres par Monseigneur Dominique Rey et enfin, en septembre 2014 avec au sein de la communauté la présence de trois prêtres, deux diacres et neuf séminaristes.
La communauté s'articule donc autour de trois piliers qui ont émergé naturellement, ceux-ci sont les suivant ; Le témoignage de la Miséricorde divine comme le Christ la révéla à Sœur Faustine Kowalska dans le Purgatoire, une dévotion eucharistique particulière avec un attachement à la célébration de la liturgie dans le rite de Saint Pie V et enfin, une mission d'évangélisation et cela particulièrement envers les musulmans. Vivre la miséricorde, selon les souhaits de Jean-Paul II qui le 30 avril 2000 annonçait "La lumière de la miséricorde divine, que le Seigneur a presque voulu remettre au monde à travers le charisme de sœur Faustine illuminera le chemin des hommes du troisième millénaire". Les membres de la société travaillent à répandre la miséricorde divine et la dévotion au Cœur sacré du Christ et au Cœur immaculé de Sainte Marie sous le patronage de Saint-Faustine. Adorer l'Eucharistie est donc le second pilier de ces missionnaires, cette célébration du Sacrifice prenant place durant la messe est au centre de la vie de ces hommes qui dédient au moins une heure par jour au Saint-Sacrement et exercent leur charisme par la célébration de la messe dans la forme extraordinaire du rit romain. Enfin, vient l'évangélisation, une composante majeure de la vie de missionnaire. Les membres évangélisent au travers d'un ministère paroissial ordinaire et demeurent dans la première paroisse personnelle dans la forme extraordinaire du rit en France, Saint-François de Paule dans la basse ville de Toulon. L'annonce de l'Évangile se fait par toutes les formes possibles, dans la rue, à domicile ou lors de processions et groupes de prières.
La patronne principale des Missionnaires de la miséricorde est Sainte Faustine Kowalska, apôtre de la miséricorde divine. Née en 1905 sous le nom d’Hélène Kowalska à Głogowiec, elle ne prendra comme nom de religion sœur Faustine qu’en rejoignant, guidée par Dieu et la Vierge Marie, la congrégation des Religieuses de Marie de la Miséricorde à Varsovie en 1924. C’est le 22 février 1931 que Sainte Faustine reçoit une vision du tableau de Jésus Miséricordieux et en septembre 1935, Jésus lui dicte alors le chapelet à la Miséricorde divine.
" Je ne suis qu’amour et miséricorde. Il n’y a pas de misère qui puisse se mesurer à ma miséricorde, ni de misère qui puisse en venir à bout puisqu’au moment de se communiquer, ma miséricorde s’amplifie. L’âme qui fait confiance à la miséricorde est la plus heureuse car je prends soin d’elle "
Journal de Sainte Maria Faustyna Kowalska